وجود موانع و چالش‌های متعدد در روند اجرا و پیاده‌سازی سیاست‌های آبی مانع از اجرای کامل و موفق سیاست‌های مذکور و دستیابی به نتایج مورد انتظار آنها می‌شود. با توجه به تحقق پایین عملکرد اجرای بخش مهمی از سیاست‌های آبی در برنامه‌ ششم توسعه و ضرورت مدیریت مؤثر بر منابع آب کشور، پژوهش حاضر به بررسی موانع و چالش‌های مؤثر بر اجرای موفقیت‌آمیز سیاست‌های حوزه آب در برنامه‌ مذکور پرداخته است. در این‌راستا، با روش تحلیل محتوا و ابزار 1) مصاحبه بدون ساختار و 2) مرور نظام‌مند مستندات علمی اعم از مقالات، گزارش‌ها و جلسات علمی مرتبط با سیاست‌های آبی برنامه‌های توسعه، به استخراج موانع و چالش‌های اجرای سیاست‌های آبی موردنظر پژوهش پرداخته است. نتایج نشان می‌دهد که علاوه بر ضرورت وجود نظام جامع ارزیابی عملکرد در مرحله اجرای سیاست، موانع و چالش‌هایی از جنس موانع مرتبط با مجریان، موانع موجود در مسیر اداری و موانع مربوط به طراحی سیاست بر عدم اجرای موفقیت‌آمیز سیاست‌های آبی برنامه ششم توسعه کشور اثرگذار بوده‌اند. در نهایت، پژوهش حاضر برای افزایش پتانسیل اجرایی سیاست‌های آبی مجموعه‌ای از راهکارها و توصیه‌های سیاستی را ارائه داده است. نتایج این پژوهش می‌تواند راهبرد سیاستگذاران در تدوین و اجرای سیاست‌های آبی برنامه‌های آتی توسعه کشور قرار بگیرد.