این مقاله به تحلیل نحوه‌ اداره و حکمرانی درونی و بیرونی دانشگاه‌ها و مؤسسات آموزش عالی در ایران می‌پردازد و با هدف ارایه چارچوبی جامع برای بازآرایی نظام مدیریتی آموزش عالی، در جهت انطباق با تحولات علمی، فناورانه و اجتماعی انجام شده است. مقاله با بهره‌گیری از روش‌های اسنادی، مصاحبه‌ خبرگانی و تحلیل محتوای کیفی، به شناسایی پارامترهای کلیدی حکمرانی دانشگاهی از جمله مدیریت منابع، مدیریت پژوهش، مدیریت آموزش، ساختار سازمانی، ارتباطات علمی، ساختار قدرت، رهبری و نظارت و اعتبار بخشی پرداخته است. بر این اساس و مبتنی بر تحلیل مورفولوژیک، آینده‌ نظام حکمرانی آموزش عالی در قالب چهار سناریوی محتمل ترسیم گردیده است. در سناریوی اداره خودمختار کالج‌ها که در آن هر مؤسسه مانند یک کالج مستقل با آیین‌نامه خاص خود و مأموریت محدود آموزشی عمل می‌کند؛ سناریوی اداره مبتنی بر برنامه که با اصلاح آیین‌نامه جامع، ساختارهای منعطف و برنامه‌محور را می‌پذیرد و ترکیبی از اختیارات دانشگاه و هدایت بالادستی را برقرار می‌سازد؛ سناریوی خودمختاری دانشگاه با مأموریت‌های ملی و اجتماعی که در آن دانشگاه‌ها با آزادی علمی و اختیار بالا، مطابق مأموریت‌های ویژه خود آیین‌نامه اختصاصی تدوین کرده و نقش فعال در پژوهش، فناوری و تعامل با جامعه دارند؛ و در نهایت سناریوی وضعیت موجود که تداوم مدل فعلی اداره دانشگاه‌ها با ساختار متمرکز، بوروکراتیک و دارای چالش‌هایی مانند کندی تصمیم‌گیری، ضعف انسجام و محدودیت اختیارات دانشگاه‌هاست.نتایج نشان می‌دهد که برقراری تعادل میان حکمرانی درونی و بیرونی و گذار از ساختار بوروکراتیک به الگوی چندسطحی، چابک و پاسخ‌گو، شرط اساسی ارتقای کارآمدی نظام آموزش عالی کشور است.